Il est considéré comme un des principaux leaders du mouvement des droits civiques afro-américain au début du XXe siècle. Sa carrière en tant que militant des droits civiques s'est prolongée sur près d'une demi-centennie, de la fin du XIXe siècle à la fin du XXe siècle. Il fut également un pionnier de l'Afrocentrisme et un précurseur du Pan-africanisme.
Du Bois étudia à l'université Fisk dans le Tennessee puis à Harvard où il obtint son Ph.D. en 1895. Il fut ensuite nommé professeur de sociologie à Atlanta University où il créa la première école de sociologie afro-américaine, en même temps qu'il fonde la société *Phi Beta Sigma* et la publication *The Moon Illustrated Weekly*.
En 1905, il fonda la National Association for the Advancement of Colored People (NAACP) avec d'autres leaders afro-américains. Il fut longtemps le principal éditeur de leur journal officiel, *The Crisis*, dans lequel il publia des articles militants pour les droits civiques et pour la justice sociale en général.
En 1903, Du Bois publia son ouvrage phare *The Souls of Black Folk* qui fut considéré comme un classique de la littérature afro-américaine. Il fut également le premier noir à obtenir un poste de professeur à l'université de Philadelphie en 1910 et il fut le premier noir à être invité à présenter une conférence devant l'Association américaine pour l'avancement des sciences.
En 1961, Du Bois se rendit au Ghana où il demanda et obtint la citoyenneté ghanéenne. Il y vécut jusqu'à sa mort en 1963, à l'âge de 95 ans.
Du Bois eut une grande influence sur la lutte pour les droits civiques afro-américains au début du XXe siècle et reste un des leaders de cette lutte les plus importants de l'époque. Il est enterré dans le cimetière national de Accra.