Selon son autobiographie, Wattles a vécu une enfance difficile, en raison notamment d'une maladie cardiaque contractée à l'âge de huit ans qui l'a obligé à rester alité pendant presque un an et demi. Il a obtenu son diplôme de Bachelor of Arts à l'Indiana University en 1882, puis un Master of Science à l'University of Pennsylvania en 1889.
Wattles s'est établi à Chicago et a travaillé comme ingénieur agronome, mais il n'a pas eu beaucoup de succès dans ce domaine. Il est ensuite devenu écrivain, collaborant notamment avec le magazine *The World's Work* (qui existait alors sous le nom de *Pearson's Magazine*).
En 1908, Wattles a publié un article intitulé "How to Secure the Money", qui a été une version abrégée de ses idées sur la prospérité. Cet article l'a amené à écrire le livre *La Science de la Prospérité*, dans lequel il affirme que toute personne peut acquérir la richesse en suivant les lois naturelles qui gouvernent l'univers. Il a été publié pour la première fois en 1910, grâce à l'éditeur William Sylvis. Le livre a connu un grand succès et est resté en vente jusqu'en 1935.
Wattles a également écrit d'autres ouvrages, notamment *The Science of Getting Rich* (1914), *Prosperity Consciousness* (1915) et *Faith and the Prosperity Consciousness* (1916). Il s'est marié en 1907 avec Alma Rae Houghton, mais elle est décédée deux ans plus tard. Wattles a lui-même décédé en 1911 à Los Angeles, d'une pneumonie.
Sa pensée a influencé des figures importantes du mouvement new thought telles que Ernest Holmes et Emmet Fox, ainsi que la Loi de la Destination d'Ernest Shurtleff Holmes. Son livre *La Science de la Prospérité* est encore publié et continue d'influencer les penseurs et praticiens du mouvement new thought actuels.