Jean-Pierre Vogler est né le 12 décembre 1947 à La Chaux-de-Fonds en Suisse. Il est diplômé du département de cinéma de l'université de Lausanne. En 1980, il réalise son premier long métrage, "Le Passant", qui reçoit un accueil critique favorable et lui vaut une nomination au Prix Suisse Romande pour le meilleur film.
En 1984, il réussit à produire son deuxième film, "Le Sourire du loup". L'année suivante, il réalise "La Morte Rouge", qui est présenté en compétition à Cannes et remporte le Prix de la Critique internationale. En 1987, il réalise "Mort d'un tueur" qui est récompensé par un César du meilleur film étranger.
En 1990, il réalise "La Famille Pfister" qui est présenté en compétition à Berlin et remporte le prix du meilleur film. L'année suivante, il réalise "L'Autre côté de la rivière", une adaptation d'un livre de Michel Tournier. En 1994, il réalise "Les Égarés" qui est présenté en compétition à Cannes et remporte le prix du meilleur scénario.
En 1998, il réalise "Le Retour de Martin Guerre", une adaptation d'un livre de Juliette Benzoni qui reçoit un accueil critique très favorable. En 2003, il réalise "L'Affaire Dreyfus" qui est présenté en compétition à Cannes et remporte le prix du meilleur scénario.
Jean-Pierre Vogler a également réalisé des épisodes de séries télévisées telles que "Incarnations", "Les Maîtresses du Pharaon" et "La Maison de la Lune". Il est également connu pour son travail en tant que scénariste, notamment sur les films "L'Année prochaine à Pascagoula" de René Allio et "Le Grand Charles" de Michel Deville.
En 2017, il réalise son dernier film, "Au nom du fils", qui raconte l'histoire d'un père et de son fils emprisonnés dans une prison suisse durant la Seconde Guerre Mondiale. Le film reçoit un accueil critique favorable et est présenté en compétition à Berlin.
Jean-Pierre Vogler a également été professeur invité au département de cinéma de l'université de Lausanne, où il a enseigné la réalisation pendant plusieurs années. En 2005, il est fait commandeur des Arts et des Lettres par le ministre français de la Culture.
Jean-Pierre Vogler est considéré comme l'un des réalisateurs les plus talentueux de Suisse et a un style personnel très reconnaissable. Sa carrière a été marquée par une grande variété de sujets, mais aussi par une sensibilité et une intelligence exceptionnelles dans la réalisation et l'écriture de ses films.