En 2003, il crée avec le scénariste Benoît Peeters la série de bandes dessinées "Les Aventures d'Astérix au Moyen Age". Cette série se distingue par son style humoristique et ses références à l'histoire belge médiévale.
En 2007, il crée une nouvelle série, "Samsara", qui traite de sujets tels que la mort, la vie après la mort et les croyances différentes sur ces thèmes. Cette série est publiée dans le magazine "Fluide Glacial".
En 2012, Yannick Van Pée publie son premier album solo, intitulé "Nostradamus en Béguinage". Cet album raconte l'histoire de Nostradamus lorsqu'il se retrouve dans un béguinage au Moyen Âge.
En 2013, il participe à la création de "La Ligue des Gentlemen Extraordinaires", une série de bandes dessinées coécrite avec plusieurs autres auteurs et consacrée aux aventures de personnages issus de différents domaines de la culture populaire.
En 2015, Yannick Van Pée crée "Le Journal d'un Clandestin", un album qui raconte l'histoire d'un clandestin belge au Moyen Âge. Cet album est publié dans le magazine "Fluide Glacial".
En 2017, il crée avec Benoît Peeters la série "Les Secrets de la BD" qui raconte les anecdotes et histoires derrière la création d'une bande dessinée.
Yannick Van Pée est aussi un illustrateur reconnu pour ses illustrations dans des livres, des journaux et des magazines. Il a travaillé avec de nombreux écrivains belges tels que Jean-Claude Van Italie, François Schuiten et Dany.
En 2018, il crée la série "Les Aventures d'Astérix dans les Pays-Bas" qui traite des aventures d'Astérix en Hollande. Cette série est publiée dans le magazine "Tintin".