En 1982, il réalise son premier long-métrage, *Les Misérables*, adaptation d'une pièce de théâtre éponyme de Victor Hugo, qui connaît un certain succès. Cela est suivi en 1984 par *La Belle Américaine* avec Gérard Depardieu et Nastassja Kinski.
En 1990, Vallot réalise son premier film policier, *Poussière d'ange*, avec Claude Brasseur dans le rôle principal. Ce film connaît un vif succès commercial et lui permet de confirmer sa notoriété. Pendant les années 1990, il continue à tourner des films policiers et d'aventures, tels que *Le Dernier Métro* (1991), *Les Enfants du marais* (1993) et *La Maison de l'angelus* (1996).
En 2001, il réalise le film historique *Le Roi Danemark*, qui raconte l'histoire de la reine Margot de Valois et du roi Henri IV. Ce film est un succès critique et commercial et est nommé pour plusieurs prix.
En 2005, Vallot réalise le film *Les Chevaliers du ciel* avec Christian Clavier, qui raconte l'histoire d'une équipe de pilotes d'avions militaires français pendant la Seconde Guerre mondiale. Ce film est également un succès et est nommé pour plusieurs prix.
Depuis cette date, Jean-Paul Vallot continue à travailler dans le monde du cinéma, en réalisant des films tels que *Le Prix de l'honneur* (2015) et *Les Enfants terribles* (2018), ainsi que des téléfilms pour la télévision française.
Jean-Paul Vallot est un réalisateur prolifique qui a su adapter divers genres cinématographiques, allant du polar aux films historiques en passant par l'aventure et le drame. Son travail est caractérisé par une certaine sensibilité et une attention à la qualité des décors, des costumes et de la musique qui sont autant d'éléments importants dans ses films.