Après des études d'art dramatique à l'École nationale de radio télévision (ENRT), Jean-François Clavier débute dans le domaine du cinéma en tant qu'assistant réalisateur, notamment sur les films "Les ordinaires" (1970) et "Le Chat dans le sac" (1972) de Claude Jutra.
En 1974, il réalise son premier long métrage, "Un peu, beaucoup, à la folie", qui remporte un grand succès critique en France. L'année suivante, il obtient l'un des grands succès de sa carrière avec "Les Aventures extraordinaires d'une jeune fille pauvre" (1975), film qui est considéré comme un classique du cinéma québécois.
De 1978 à 1980, il réalise plusieurs épisodes de la série télévisée "La Petite Vie", puis en 1983, il signe une autre adaptation littéraire, "Mémoires d'un géographe", avec Gérard Depardieu.
Au cours des années 1980 et 1990, Jean-François Clavier continue à travailler en France et au Québec, réalisant notamment les films "Les Fusils" (1986), "L'Amour à mort" (1992) et "Le Météorite" (1994).
En 2003, il revient sur le devant de la scène avec son film "Les Invasions barbares", qui remporte un grand succès critique et est nommé à plusieurs reprises aux Prix Génie. Depuis cette date, il continue à travailler dans les domaines du cinéma et de la télévision, réalisant notamment des épisodes de la série "Les Similitudes posthumes" (2017).
En tout, Jean-François Clavier a réalisé plus de vingt longs métrages et une quarantaine d'épisodes de séries télévisées. Sa carrière est marquée par sa volonté d'explorer les thèmes de la famille, du désir et de l'identité, souvent dans un contexte historique ou fantastique.