Salaün a étudié au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris où il a été l'élève de René Cofort, Pierre Boulez et Yves Prin. Sa carrière professionnelle a débuté en 1983 avec sa première participation à un festival d'opéra contemporain.
En 1987, Salaün a reçu une bourse pour étudier la direction d'orchestre à l'Académie des Arts de Saint-Gallen en Suisse. Il a également étudié avec Kent Nagano et Michael Gielen. De retour en France, il a commencé à travailler comme chef assistant à l'Opéra national de Paris.
Salaün a fait ses débuts à l'Opéra-Comique en 1989 avec un programme consacré à la musique contemporaine française. Il a ensuite dirigé de nombreuses productions opératiques et symphoniques, notamment aux Opéra national de Paris, La Monnaie de Bruxelles, le Festival d'Aix-en-Provence, le Théâtre des Champs-Élysées, le Festival de Radio France et Montpellier, l'Orchestre philharmonique de Radio France, l'Ensemble intercontemporain et le Trio Wanderer.
En 2014, Salaün a été nommé directeur musical de l'Opéra national du Rhin à Strasbourg. Il a également enseigné la direction d'orchestre au Conservatoire supérieur de musique de Strasbourg et a donné des masterclasses en France, en Allemagne, aux États-Unis et en Corée.
Salaün est réputé pour sa passion et son engagement pour la musique contemporaine française. Il a dirigé de nombreuses premières mondiales de pièces symphoniques et opératiques, notamment celles de Philippe Hersant, Olivier Messiaen, Tristan Murail et Pascal Dusapin.
Salaün est également compositeur, avec des compositions pour orchestre, chœur, ensemble instrumental et piano solo. Ses œuvres ont été jouées dans de nombreuses salles en France et à l'étranger. Il a reçu plusieurs prix et bourses de composition, dont le Prix de la Fondation Royaumont, le Prix du Ministère des Affaires culturelles françaises, le Prix Charles Oulmont et le Prix Lili Boulanger.
En outre, Salaün est l'auteur d'un livre sur le musicien et compositeur Maurice Ohana, *Maurice Ohana, la voix de l'Absolu* (L'Harmattan, 2008).