Après des études de cinéma à l'Université Sorbonne Nouvelle - Paris III, il a commencé sa carrière en tant que réalisateur de courts métrages et documentaires. Parmi ses premières productions figurent *Le Roi du monde* (1972) et *L'Équipe des espaces* (1974).
En 1980, il sort son premier long-métrage, *Au fil de l'histoire*, qui retrace l'évolution historique de la pêche. Le film rencontre un large succès et est sélectionné dans plusieurs festivals internationaux, dont le Festival de Cannes.
Par la suite, Bernard Ruffio a réalisé une série de documentaires sur des sujets variés tels que l'art contemporain (*Art brut*, 1985), les sciences (*Un monde sans frontières*, 1990) ou encore la nature (*Le Chant des glaces*, 2007). Il a également produit plusieurs émissions de télévision, telles que *Cinéma de poche* (1985-1994), *L'Échoppe du cinéma* (1986-1990) et *Le Jour du cinéma* (1992).
En 2004, il est élu président de la Société française de production (SFP), une organisation regroupant les producteurs français. Il a également occupé le poste de directeur général de la Cinémathèque française entre 2015 et 2017.
Bernard Ruffio est un membre actif des cercles cinématographiques internationaux et a reçu plusieurs récompenses pour son travail, notamment le Prix Jacques Tati en 2008, remis par l'Académie des beaux-arts. En 2014, il a été nommé Chevalier dans l'Ordre national du Mérite.
Actuellement, Bernard Ruffio continue à travailler sur de nouveaux documentaires et productions cinématographiques. Il est également membre de la commission culturelle du Conseil de Paris et préside le conseil d'administration de la Fondation Henri Langlois.