Poulain de La Barre a vécu pendant la Fronde, période marquée par des révoltes contre l'autorité royale en France. Il a grandi dans une famille modeste et il ne pouvait pas suivre les études universitaires comme ses frères. Cependant, grâce à son intelligence et à son caractère indépendant, il s'est autodidacte. Il était un polygriste exceptionnel, connaissant plusieurs langues, notamment le grec et le hébreu, et écrivait des poèmes et des essais sur une grande variété de sujets.
En 1673, il a publié un livre intitulé "La vraie éducation ou l'art de former les enfants", dans lequel il défend la liberté de pensée et la tolérance religieuse. Ce texte a suscité une vive polémique, car il critiquait directement le dogmatisme et les orthodoxies de l'Église catholique. Poulain de La Barre y soutenait notamment que l'éducation des enfants devrait être basée sur la raison plutôt que sur la foi.
En 1675, il a été condamné à mort pour hérésie et réfractaire au clergé et à la religion catholique, après avoir déchiré le voile de la Vierge Marie et avoir jeté un livre sur l'autel. Il fut finalement gracié et exilé pour quelques années.
En 1689, il a été réhabilité par Louis XIV et peut revenir à Paris. Cependant, il a continué à publier des textes controversés, notamment "Le Parfait Citoyen" en 1691, qui défendait l'égalité des citoyens devant la loi.
François Poulain de La Barre est mort à Paris en 1693. Il a toujours été considéré comme un martyr pour les libertés individuelles et la tolérance religieuse, et sa figure continue d'être honorée par ceux qui défendent ces valeurs.