Après des études d'économie politique à l'université de Paris-X (Nanterre), il commence sa carrière au milieu de la publicité en tant qu'assistant réalisateur, travaillant pour des studios comme Publicis et BDDP. Il obtient son premier grand succès avec le spot publicitaire "La Nuit" pour le parfum de Givenchy, qui obtient plusieurs récompenses internationales.
En 1989, il réalise son premier long-métrage, "Le Grand Bleu", un film d'aventure et de romance écrit par Luc Besson. Le film est un succès critique et commercial, qui lance la carrière internationale de Jean-Claude Van Damme.
En 1992, Philippe Muyl réalise "La Révolution française", une mini-série télévisée en cinq parties adaptée du roman de Thomas Carlyle. La série est diffusée sur Arte et obtient un grand succès critique. En 1997, il réitère avec la mini-série "Napoléon" qui retrace la vie du général et de l'empereur Napoléon Bonaparte.
En plus de son activité de réalisateur, Philippe Muyl travaille également comme scénariste et producteur. Il a notamment écrit le scénario de "L'Apprenti sorcier" en 1986, avec Gérard Depardieu dans le rôle principal, ainsi que de nombreux autres films pour la télévision. En tant que producteur, il travaille sur des projets tels que "Dans les mers de l'Atlantique nord" en 1982 et "La Vérité si je le veux" en 1990.
En 2006, Philippe Muyl réalise son dernier film, "Le Grand Secret", une adaptation du roman éponyme de Michel Manhes. Le film raconte l'histoire d'un journaliste qui découvre un complot politique impliquant des hauts personnages du monde politique français et américain.
Philippe Muyl a été décoré de la Légion d'honneur en 2015 pour ses services rendus à l'industrie cinématographique française.