Après des études en lettres classiques, elle a rejoint l'École Pratique des Hautes Études (EPHE) à Paris, où elle a spécialisé dans l'étude de l'Égypte ancienne. Elle a ensuite obtenu un doctorat en archéologie égyptologique à l'Université Paris-Sorbonne.
Sa carrière professionnelle a commencé lorsqu'elle a travaillé pour le Service des Antiquités de l'Égypte, où elle a participé à plusieurs fouilles archéologiques dans différentes régions de l'Égypte, notamment la vallée de la Nilothère et la région de Dendérah.
En 1987, Claudine Perrot-Berton est devenue directrice du Musée de la Bretagne à Rennes, où elle a mis en place une collection permanente consacrée à l'Égypte ancienne. Elle a également été membre du Comité national des Travaux historiques et scientifiques, ainsi que conseillère scientifique pour les émissions de télévision sur la culture et l'histoire de l'Égypte.
Elle est l'auteur de nombreux ouvrages et articles sur l'art et l'architecture égyptiennes, ainsi que sur le culte des divinités féminines en Égypte antique. Elle a également été professeur d'Égypte ancienne à l'Université Lumière-Lyon-II.
En 2014, Claudine Perrot-Berton est nommée membre de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, une institution française qui récompense les recherches dans les domaines historiques, philologiques et archéologiques. Elle est également chevalier de la Légion d'honneur.
Claudine Perrot-Berton a été l'un des principaux interprètes de la civilisation égyptienne pour le grand public français. Sa carrière a été marquée par sa passion et son engagement envers cette culture, ainsi que par ses contributions importantes à l'étude de l'Égypte ancienne.