Jean-Dominique Payen a obtenu son diplôme d'ingénieur au sein de l'École nationale supérieure des mines de Paris (ENSMP) en 1973, puis il a poursuivi ses études à l'Université Pierre-et-Marie-Curie. Il a défendu sa thèse de doctorat en physique en 1982 sur le sujet de la spectroscopie Raman dans les polymères.
En 1984, il a été recruté par l'Institut français du pétrole (IFP) où il a développé une nouvelle technique de spectroscopie Raman en collaboration avec la société Bruker Optics pour l'analyse des gaz et des liquides. Cette technique est connue sous le nom de "Raman microscope" ou "Raman optique à fibre".
En 1986, il a rejoint l'Université Paris-Sud comme maître de conférences en spectroscopie physique et chimique. En 1995, il est devenu professeur titulaire et directeur de recherche au Centre national de la recherche scientifique (CNRS).
En 2012, Jean-Dominique Payen a reçu le prix Nobel de chimie en reconnaissance de sa contribution à la spectroscopie Raman. Il est devenu membre étranger de l'Académie nationale des sciences des États-Unis et a été distingué par plusieurs autres prix internationaux.
En 2016, il a quitté l'Université Paris-Sud pour rejoindre l'École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) en Suisse où il est professeur titulaire de spectroscopie Raman et directeur du Laboratoire d'analyse Raman.
Jean-Dominique Payen est un chercheur actif dans le domaine de la spectroscopie Raman, avec plus de 800 publications scientifiques à son actif. Il continue à travailler pour développer des applications pratiques de cette technique en collaboration avec les industriels et les chercheurs du monde entier.