Il est considéré comme l'un des principaux peintres du XXe siècle, auteur d'œuvres abstraites à la frontière entre l'art figuratif et l'art non-figuratif. Son œuvre comporte plus de 10 000 créations qui sont dispersées dans le monde entier.
Klee a étudié à l'Académie des beaux-arts de Munich puis à l'École des arts décoratifs de Berlin, où il a rencontré Wassily Kandinsky et fut influencé par les idées du mouvement expressif. En 1921, il rejoint le Bauhaus, une école d'art et de design fondée par Walter Gropius en Allemagne, et participe activement à ses activités pédagogiques jusqu'à sa fermeture en 1933.
Son style est marqué par l'influence du cubisme, mais également des traditions artistiques orientales et des formes organiques naturelles. Klee a développé une palette de couleurs inhabituelle, utilisant souvent des nuances pastel, qui lui ont valu le surnom de « maître des petites couleurs ».
En 1933, à la fermeture du Bauhaus, il part pour Zurich où il est professeur à l'École des arts appliqués. Son œuvre tardive est marquée par une grande abstraction et par la recherche d'une forme de spiritualité dans le monde artisanal et populaire, qui lui sont propres.
Klee est mort en 1940 à Mougins près de Cannes où il résidait avec sa femme et ses enfants. Son œuvre a connu un grand retentissement après sa mort, en particulier grâce à des expositions importantes qui ont été organisées à partir des années 1950, notamment la rétrospective monographique tenue au Museum of Modern Art de New York en 1952. Son influence sur les générations suivantes d'artistes est indéniable et son travail continue d'être exposé dans les musées du monde entier.