Sa carrière cinématographique a débuté en 1974 avec son premier court-métrage, *Le Taciturne*. Il a ensuite réalisé plusieurs autres courts-métrages avant de passer au long métrage en 1980 avec le film *La Nuit des traqués* qui raconte l'histoire d'un groupe de jeunes Martiniquais révoltés confrontés à la police française. Ce film a été un grand succès et a permis à Jean Toussaint Paolacci de se faire connaître du grand public.
En 1983, il réalise *La Blanche Colonne*, qui traite des relations entre les blancs et les noirs à la Martinique. Ce film a été un autre succès critique et commercial. En 1985, il réalise son troisième long-métrage, *Rue Barbet de Jouy*. En 2003, il sort *La Petite Jérémie*, qui raconte l'histoire d'une famille martiniquaise confrontée à la misère et au chômage.
En plus de sa carrière cinématographique, Jean Toussaint Paolacci est également actif dans le domaine du théâtre. Il a réalisé plusieurs pièces de théâtre pour la télévision, dont *Les Frères Karamazov* en 2016 et *La Nuit des traqués* en 2018.
Jean Toussaint Paolacci est également membre de l'Académie des beaux-arts depuis 2005. Il a été nommé au poste de la chaire de Jean Cocteau et s'est installé à Villa Médicis à Rome pour y résider pendant deux ans.
Au cours de sa carrière, Jean Toussaint Paolacci a reçu plusieurs récompenses et distinctions, notamment le prix Louis Delluc en 1980 pour *La Nuit des traqués* et le César du meilleur espoir masculin en 1984 pour son rôle dans le film *Rue Barbet de Jouy*. Il a également été nommé plusieurs fois aux Césars et aux Prix Lumière.