Après des études en droit, il commence sa carrière au cinéma en 1970 en tant que journaliste pour le magazine Québec Cinéma. En 1975, il réalise son premier court métrage, *Le Déjeuner de l'Amérique*, qui est sélectionné aux festivals internationaux et remporte un prix au Festival international du film d'Oran en Algérie.
En 1980, Jean-Pierre Noël réalise son premier long métrage, *Les Enfants du Rock 'n' Roll*, qui marque le début de sa collaboration avec l'acteur Pierre Curzi. Ce film est également sélectionné aux festivals internationaux et obtient un certain succès au Québec.
Dans les années 1980, Jean-Pierre Noël continue à réaliser des films pour la télévision et le cinéma, dont *Maudite Puce* (1982), *L'Odyssée de Trenet* (1986) et *Le Roi Danseur* (1987).
En 1991, il réalise un film qui sera considéré comme l'un de ses chefs-d'œuvre, *Les Virtuoses*, avec Pierre Curzi, Marie-Christine Barrault et Pierre Richard. Ce film marque également le début d'une collaboration entre Jean-Pierre Noël et la société de production Les Films Séguin.
Dans les années 1990, il réalise plusieurs autres films, dont *Le Dernier Bord* (1993), *La Rivière sauvage* (1995) et *La Maison des esclaves* (2001). En 2006, il réalise un dernier film, *Le Voyage en Italie*, qui clôture sa carrière de réalisateur.
Jean-Pierre Noël est également connu pour son travail à la télévision, où il a dirigé des émissions telles que *L'Heure des grandes heures* (1973) et *La Grande Sélection* (1980-1985).
En 2009, Jean-Pierre Noël est nommé membre de l'Ordre national du Québec pour ses contributions exceptionnelles à la culture québécoise. Il reçoit également plusieurs autres prix et distinctions au cours de sa carrière, dont un Prix Génie en 1984 pour *Les Virtuoses* et un Prix Jutra en 2006 pour *Le Voyage en Italie*.