Il a commencé sa carrière dans l'audiovisuel en tant que journaliste au service des sports de la chaîne de télévision tunisienne Télévision Tunisienne (TNT). En 1987, il rejoint Canal+ et anime le magazine *Nagui est à vous* qui connaît un grand succès.
En 1990, Nagui quitte Canal+ pour rejoindre Antenne 2 (devenue France 2), où il coanime avec Hélène Rollès l'émission *Les Enfants de la télé*. Cette émission connaît également un immense succès et contribue à la révélation d'artistes tels que Jean-Jacques Goldman, Christophe Maé ou encore Zazie.
En 1994, Nagui est l'un des premiers animateurs français à rejoindre M6, avec le magazine *Nagui sur M6*. Il anime également plusieurs émissions spéciales, dont la couverture de l'arrivée du millénaire en 1999.
En parallèle à sa carrière d'animateur, Nagui se lance dans le métier de producteur et réalise des films pour la télévision. Parmi ses réalisations figurent *La Grande Évasion* (2005), avec Jean-Jacques Goldman, Michel Sardou, Renaud et Francis Cabrel, ainsi que *Tournée des Enfoirés 2018*, qui a reçu le Médaille d'or de la musique à Cannes.
En 2013, Nagui quitte M6 pour rejoindre Europe 1 où il anime une émission matinale et un magazine hebdomadaire, *Nagui et ses invités*. En 2019, il quitte Europe 1 pour animer sur RTL le magazine *Ça se discute avec Nagui*, aux côtés de Thierry Ardisson.
En 2023, Nagui est reconnu comme un des animateurs les plus populaires et influents de la télévision française. Il a animé ou coanimé plus de 15 émissions depuis le début de sa carrière et a contribué à la révélation de nombreux talents de la scène musicale française.