Mohammad Omar était né le 23 août 1962 à Kandahar en Afghanistan, dans une famille du peuple pachtoune. Il est connu pour avoir été le fondateur et le premier chef spirituel (emir) de l'organisation militaire talibane, les Talibans.
Omar reçut sa première éducation islamique à la madrasa de Kandahar et a ensuite étudié dans une école coranique à Peshawar au Pakistan. Au début des années 1980, il prit part à la guerre contre l'occupation soviétique de l'Afghanistan aux côtés du Moujahidin islamique. Il fut grièvement blessé à plusieurs reprises, perdant un œil et la capacité de marcher sans prothèse.
Après le retrait des Soviétiques en 1989, Omar retourna à Kandahar où il prit la tête d'un groupe taliban local. Au milieu des années 1990, il parvint à unifier les différents groupes talibans et à prendre le contrôle de l'Afghanistan en 1996. Il fut proclamé émir des Talibans le 26 septembre 1996.
Sous son pouvoir, les Talibans imposèrent une interprétation extrémiste de l'islam et répressèrent durement les droits des femmes, qui furent limités à peine plus qu'à ceux des non-musulmans. Les musées et les bibliothèques furent détruits et la culture afghane fut supprimée.
En 2001, Omar approuva l'accueil de l'organisation islamique d'Al-Qaïda au sein du territoire des Talibans en échange d'une aide financière et militaire. La présence d'Al-Qaïda conduisit à une attaque terroriste sur les États-Unis le 11 septembre 2001, qui força les Talibans à se retirer du pouvoir en novembre 2001.
Mohammad Omar mourut le 23 avril 2013 à Kandahar après avoir été atteint d'une crise cardiaque. Son décès marqua la fin d'un chapitre de l'histoire de l'Afghanistan et laisse une longue trajectoire politique pour les Talibans à suivre dans le contexte actuellement en place dans ce pays.