Après des études secondaires à Tourcoing, Marie-Lise Marsaaix a obtenu un baccalauréat en lettres classiques à Lille en 1954. Elle a ensuite poursuivi ses études à la Sorbonne à Paris et a terminé son doctorat de troisième cycle en égyptologie sous la direction d'Henri Gauthier en 1968.
Marie-Lise Marsaaix a commencé sa carrière dans le monde académique en tant qu'assistante à l'Institut français d'archéologie orientale du Caire, où elle travailla pendant plusieurs années. En 1973, elle rejoint l'École pratique des hautes études, section Sciences religieuses de l'Asie ancienne (Section Sciences Religieuses de l'Asie Ancienne, SRA), à Paris, et en 1984, elle devient maître de conférences. En 2000, elle est nommée professeure émérite de cette même institution.
Marie-Lise Marsaaix a consacré une grande partie de sa carrière à la transcription et à l'étude des textes religieux et funéraires des temples d'Égypte antique, notamment ceux du temple d'Abydos et du temple de Karnak. Elle est connue pour avoir traduit une série de textes funéraires importants, dont le Livre des Morts de Ramsès III et les Hymnes à Amon-Rê.
Marie-Lise Marsaaix a été membre correspondant de l'Académie des Inscriptions et Belles Lettres depuis 1984, elle est membre titulaire depuis 2005. Elle a reçu plusieurs récompenses pour son travail, notamment la médaille d'argent du CNRS en 1979 et le prix Eugène-Raab de l'Académie française en 1986.
En plus de ses travaux académiques, Marie-Lise Marsaaix a également publié des articles populaires sur l'Égypte antique pour un public non spécialisé. Elle est toujours active dans le monde de la recherche et donne régulièrement des conférences en France et à l'étranger.