Mario a reçu sa première guitare à l'âge de huit ans, et commença à étudier le solfège à l'Académie nationale d'art musique et danse de La Havane. Sa carrière musicale professionnelle débute en 1980 avec le groupe "Sonora De La Habana".
En 1982, il se produit pour la première fois aux États-Unis à Miami dans un festival de musique cubaine. Il est ensuite invité à jouer au festival "Cubadisco" à La Havane et devient le membre permanent du groupe "Sonora Matancera".
En 1985, il émigre définitivement aux États-Unis et commence sa carrière solo en enregistrant son premier album intitulé "Como un viento que sopla" en 1987. Son deuxième album, "Siempre te amare", sort en 1988.
Mario Fernández est connu pour ses interprétations de musique cubaine traditionnelle et contemporaine, notamment dans les genres du son cubano, la salsa et le boléro. Il a également collaboré avec d'autres artistes célèbres tels que Gloria Estefan, Celia Cruz, Tito Puente et Julio Iglesias.
En 1997, il reçoit un Grammy latin pour son album "Mambo con Sabor". En 2000, il sort l'album "De Cuba con amor" en collaboration avec la chanteuse cubaine Albita. Il a également enregistré des albums live et collaborations spécifiques, ainsi que des albums pour enfants.
Au cours de sa carrière, Mario Fernández a reçu plusieurs récompenses, dont un Latin Grammy Award, cinq Premios Lo Nuestro, un Billboard Award et un Premio Orgullo Cubano. Il est également membre de l'Académie latino-américaine des arts et sciences et de la Latin Songwriters Hall of Fame.
En 2018, il sort son dernier album studio, "Ayer no era", qui a été nommé à plusieurs reprises aux Latin Grammy Awards. Mario Fernández est considéré comme l'un des musiciens cubains les plus importants de tous les temps et continue de se produire sur scène en tant qu'artiste solo et avec ses groupes, notamment le groupe "Sonora Matancera".