Il a débuté sa carrière professionnelle en 1988 avec l'équipe Sammontana et s'est retiré en 2007 après avoir remporté plus de 150 victoires durant sa carrière, dont deux titres mondiaux (en 1994 et 1996) et cinq titres nationaux.
Cipollini est connu pour son style extroverti et coloré : il était parmi les coureurs les plus visibles sur la route en raison de sa tenue de course unique, composée d'un maillot rouge avec des liserés bleus et jaunes, un casque avec un bandeau blanc et un collet rouge. Il a également été notoire pour son comportement irrégulier et provocateur, y compris des incidents à plusieurs reprises où il a poussé des journalistes lorsqu'il était déçu de leur couverture.
Il a notamment remporté la course en ligne des championnats du monde de cyclisme sur route en 1994 et 1996, ainsi que trois fois le Tour d'Italie (en 1992, 1993 et 2002). Il a également terminé deuxième du Tour de France en 1995, à seulement quatre secondes de l'Espagnol Miguel Indurain.
En plus de ses victoires sur les grandes courses, Cipollini est connu pour sa vitesse exceptionnelle et son talent dans les sprints massifs. Il a été appelé le "Lion King" en raison de son style agressif sur la route et de sa capacité à dominer les autres sprinteurs de son époque.
Depuis sa retraite sportive, Cipollini s'est engagé dans divers projets, y compris l'organisation d'événements cyclistes et le développement de produits de marque. Il est également devenu un commentateur sportif pour la télévision italienne et a écrit plusieurs livres autobiographiques.
Avec sa carrière remarquable et son style inhabituel, Mario Cipollini reste une icône du cyclisme italien et de l'histoire du cyclisme en général.