Il est né dans une famille catholique et alphabétisée en langue portugaise. Il a suivi des études primaires à Dili, puis des études secondaires à Lisbonne au Portugal de 1962 à 1967. Après avoir obtenu son diplôme d'ingénieur civil, il est retourné au Timor portugais où il a travaillé pour l'entreprise publique de génie civil jusqu'en 1975.
Puis, à la suite de l'invasion indonésienne du Timor-Est en décembre 1975, Alkatiri s'est exilé au Portugal, où il a poursuivi des études supérieures et a obtenu une maîtrise en droit en 1983. Il est également titulaire d'un doctorat en droit de l'Université de Coimbra en 1987.
De retour au Timor-Leste indépendant en 1999, Alkatiri a été nommé ministre des Affaires étrangères et de la Coopération international dans le gouvernement du Premier ministre Mari Alkatiri jusqu'en mai 2006. Il a également occupé les postes de président du Conseil national de défense et de chef de l'État-major général des forces armées timoraises.
En 2007, il a fondé le Parti démocrate (PD), dont il est devenu secrétaire général. Il a également été élu député à l'Assemblée nationale du Timor-Leste lors des élections législatives de 2018 et a continué à occuper ce poste jusqu'en mai 2021.
En juin 2021, il a rejoint la Fédération pour une juste paix (FPD), un parti politique qui s'est formé à partir d'une scission du PD en avril 2021. Alkatiri est devenu vice-président de cette nouvelle formation politique.
Alkatiri est considéré comme l'un des chefs militants pour l'indépendance du Timor-Leste et a joué un rôle important dans le processus de décolonisation du pays en 1975, avant la guerre d'indépendance (1974-1999). Il est également reconnu comme un défenseur des droits humains et de la justice sociale au Timor-Leste.