Sa carrière démarre dans le cinéma avec son premier court-métrage, "Sans titre", en 1996. Ensuite viennent plusieurs autres courts-métrages et documentaires tels que "Faut qu'ils mangent" (2003), "Coup de soleil" (2004) et "Le Trou" (2005).
En 2010, Marc Gibaja réalise son premier long-métrage, "Dans tes rêves", qui connaît un succès critique. Ce film, qui traite de la maladie d'Alzheimer et du sentiment de solitude, est sélectionné dans plusieurs festivals internationaux et remporte le Prix François-Roux au Festival du cinéma francophone d'Angoulême en 2011.
En 2013, il réalise "La Vie rêvée des choses", un film qui évoque la quête de l'identité et les souvenirs perdus. Le film est sélectionné au Festival de Cannes dans la section Quinzaine des Réalisateurs en 2013, ce qui constitue une reconnaissance nationale et internationale pour le réalisateur.
En 2018, Marc Gibaja réalise "Le Grand Bazar", un film à propos du monde des adultes interdits, de la transgression et des limites sociales. Le film est sélectionné dans plusieurs festivals internationaux et remporte le Prix François-Roux au Festival du cinéma francophone d'Angoulême en 2019.
En 2021, il réalise "La Vie moderne", une comédie qui aborde des sujets comme la jalousie, les relations amoureuses et les difficultés de la vie quotidienne. Le film est sélectionné au Festival de Cannes dans la section Quinzaine des Réalisateurs en 2021.
Marc Gibaja est ainsi un réalisateur français reconnu pour son travail sur le cinéma indépendant, qui aborde des sujets sensibles et introspectifs avec une certaine poésie et une forme narrative originale.