Il a commencé sa carrière en travaillant dans des entreprises de publicité à Paris avant de se tourner vers le cinéma. Son premier film, "La Résistance de l'air" (1982), est un documentaire sur la résistance aérienne française pendant la Seconde Guerre mondiale. Le film a été bien reçu par la critique et marque le début d'une carrière prolifique dans le cinéma documentaire pour Carré.
En 1993, il a réalisé "La Grandelessance", un documentaire sur les déchets industriels et domestiques. Le film a remporté plusieurs prix et a contribué à faire connaître le problème de la pollution des déchets aux yeux du grand public.
En 2008, il a réalisé "La France profonde", un documentaire sur les paysans français et leur mode de vie traditionnel. Le film a été bien reçu par la critique et a remporté le Grand Prix du Festival International du Film Francophone de Namur en Belgique.
En 2013, il a réalisé "L'Empire des lumières", un documentaire sur les progrès de l'éclairage électrique dans le monde depuis son invention jusqu'à nos jours. Le film a remporté le Grand Prix du Festival International du Film Francophone de Namur en 2014.
En 2017, il a réalisé "La Mer", un documentaire sur la mer Méditerranée et ses habitants. Le film a été bien reçu par la critique et a remporté le Grand Prix du Festival International du Film Francophone de Namur en 2018.
Marc Carré est également connu pour sa passion pour l'aviation, qui s'exprime dans plusieurs de ses films. En 2005, il a réalisé "Le Ciel et moi", un documentaire sur son amour pour les avions et la liberté qu'ils symbolisent.
Il est actuellement en post-production sur un nouveau film intitulé "La Terre brûlée", qui traite du changement climatique et de ses effets sur la planète.