Après des études à l'Institut national supérieur des arts appliqués et techniques de Paris (INSAA), il commence sa carrière en tant que monteur dans les années 80. Son travail attire l'attention et il travaille sur plusieurs films importants du cinéma français, notamment pour le réalisateur Claude Miller.
En 1986, Loubet réalise son premier court-métrage intitulé "Aldo et Julia". Ce film est sélectionné au Festival de Cannes et lance définitivement la carrière du jeune cinéaste.
Deux ans plus tard, il sort son premier long métrage, "Les Nuits Fauves", qui reçoit un énorme succès critique. Le film met en scène Sandrine Bonnaire et Denis Lavant et raconte l'histoire d'un couple de jeunes gens qui décide de vivre dans la nature.
En 1992, Loubet réalise son second long métrage, "Les Amants du Pont-Saint-Cloud", avec les mêmes acteurs principaux. Le film est un succès critique et commercial et reçoit le Prix Louis Delluc en 1992.
En 1994, Loubet réalise "La Bûche", une comédie dramatique qui remporte de nombreux prix, dont le César du meilleur film et le Grand Prix au Festival de Cannes. Le film raconte l'histoire d'un couple qui se dispute lorsqu'ils tentent de préparer la bûche de Noël.
En 2015, Loubet réalise "La Chute de Frodon", un long métrage qui retrace l'histoire de Jean-Baptiste Poquelin, dit Frodon, et son ascension au sein du monde du théâtre. Le film est sélectionné en compétition officielle à la Mostra de Venise.
Aujourd'hui, Jean-Claude Loubet est considéré comme l'un des plus grands cinéastes français contemporains. Son œuvre aborde des sujets variés et traite de manière subtile et poétique les relations humaines.