Diplômé du Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris en 2004, Sébastien Le Prêtre a remporté plusieurs prix internationaux de piano comme le Concours international de piano Maria Canals de Barcelone en 2003 ou encore le Concours international de piano Frédéric-Chopin à Warsaw en 2005.
Il a également été lauréat des Jeunes Solistes de l'ORTF et du Concours Musique en liberté (France 2). En 1997, il gagne le concours international pour jeunes musiciens de la Fondation Pro Musicis à Paris.
En tant que pianiste, Sébastien Le Prêtre a joué sous la direction de chefs d'orchestre tels que Seiji Ozawa, Bernard Haitink, Myung-Whun Chung et Charles Dutoit. Il a aussi collaboré avec des solistes reconnus comme Gautier Capuçon, Renaud Capuçon, Alisa Weilerstein et Leila Josefowicz.
En 2010, Sébastien Le Prêtre a été invité à rejoindre le jury du Concours international de piano Marguerite Long-Jacques Thibaud, qui se tient chaque année à Paris. Il est également professeur au Conservatoire supérieur national de musique et de danse de Paris depuis 2013.
En plus de sa carrière de concertiste, Sébastien Le Prêtre est aussi un compositeur réputé. En 2015, il a écrit la musique pour le ballet "Le Rêve" au Ballet National de Marseille. Son album de musiques de scène, intitulé "Les Désenchantements", a été enregistré avec l'orchestre Philharmonia en 2018.
Sébastien Le Prêtre est également connu pour être un défenseur actif des droits des musiciens. Il est par exemple membre de la Fédération Musique et a occupé le poste de secrétaire général de la Fédération des Artistes Solistes de France (FASORG) entre 2014 et 2017.