Dans les années 1970 et 1980, Le Moine est devenu connu en tant que soliste international à l'origine du mouvement Haute interprétation. Sa carrière a été marquée par son engagement constant pour la recherche des sources originales des compositeurs baroques français, ainsi qu'une collaboration étroite avec les plus grands chefs d'orchestre et de musique ancienne, notamment Nicolaus Harnoncourt, Christophe Rousset et Frans Brüggen.
Le Moine a enregistré un grand nombre d'œuvres pour clavecin, orgue ou harpe, dont une grande partie a été composée par des compositeurs tels que François Couperin, Jean-Philippe Rameau, Johann Sebastian Bach et Domenico Scarlatti. Sa discographie comprend également de nombreuses œuvres instrumentales et vocales, ainsi qu'un ensemble de transcriptions pour clavier d'œuvres orchestrales.
En plus de sa carrière en solo et de ses nombreux enregistrements, Le Moine a occupé des postes académiques prestigieux au sein de plusieurs institutions françaises, notamment à l'Université de Paris-Sorbonne, à la Faculté de Musique de Reims et au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris. Il est également professeur honoraire à l'université Harvard et membre honoraire du Royal College of Music de Londres.
En 2013, Le Moine a reçu la Médaille d'or du Cœur volant (Golden Heart Award) pour sa contribution exceptionnelle à la musique française, et en 2015 il a été intronisé au Temple de la Fama Internationale della Musica Classica. Ses contributions ont également été reconnues par l'Académie des Beaux-Arts de l'Institut de France.
Aujourd'hui, Jean-Baptiste Le Moine continue à donner des concerts et des masterclasses en Europe et aux États-Unis. Sa carrière a été marquée par une passion inébranlable pour la musique baroque française et son souhait de partager cet amour avec le monde entier.