Après avoir obtenu un diplôme en théâtre à l'Université Concordia, il commence sa carrière dans le monde du spectacle en 1987, lorsqu'il rejoint la troupe de l'Échappée Belle, une compagnie de comédiens improvisateurs montréalais. Au fil des ans, il s'impose comme un acteur polyvalent, travaillant dans diverses formes de théâtre, à la télévision et au cinéma, ainsi qu'en tant que doubleur de films d'animation.
Jean-François Reste est surtout connu pour son travail avec le duo humoristique Jean-François et Michèle, en compagnie de l'humoriste Michèle Deslauriers. Le duo a créé des sketchs pour les émissions télévisées à succès Tout le monde en parle et La Voix, ainsi qu'un court métrage intitulé La Ville fantôme, qui a remporté plusieurs prix au Festival international du film de Comédie de Montréal.
En plus de son travail avec Jean-François et Michèle, l'acteur a également travaillé sur diverses productions télévisées comme Je me souviens, Un gars, une fille, Virginie, Le Collectionneur, Unité 9 et plusieurs autres. Il s'est également illustré dans des films tels que Laissez-nous entrer, Un 32 au bout du tunnel et La Famille Olivier.
Jean-François Reste est également connu pour son activisme et son engagement en faveur de la communauté LGBTQ+. Il a notamment créé et animé une émission de radio intitulée Le Trio des Bébés, qui abordait diverses questions liées à la sexualité et à l'orientation sexuelle.
En 2013, il reçoit le prix Gémeaux du meilleur acteur dans un premier rôle pour son travail sur La Ville fantôme. Il a également été nommé plusieurs fois pour d'autres récompenses telles que les Prix Juno et les Prix Génie.