Il a grandi dans une famille catholique et conservatrice. Sa vocation d'acteur l'a conduit à étudier au Conservatoire d'art dramatique du Québec, où il obtient son diplôme en 1980.
Dans les années 1980, Michel Keller se fait connaître comme acteur de théâtre et incarne des personnages dans plusieurs pièces à succès telles que "Les Belles-Soeurs" et "La Maison Susie". Il obtient également le prix Gémeaux pour son rôle dans la série télévisée "Lance et Compagnie".
En 1986, il débute au cinéma avec le film "Le Crime d'Ovide Plouffe" qui lui vaut des critiques positives. Pendant cette période, il continue également de jouer dans diverses productions théâtrales et télévisées.
Dans les années 1990, Michel Keller se tourne vers la comédie, notamment avec le rôle du professeur Gilbert Lemieux dans la série télévisée "Tous les garçons et toutes les filles de leur âge". Cette série lui permet d'obtenir une large popularité auprès du public.
En 2001, il est nommé directeur général de Radio-Canada, où il se fait remarquer par des initiatives telles que la création de nouveaux programmes et l'amélioration de la qualité de la télévision publique québécoise. Il quitte son poste en 2015 pour retourner à sa carrière d'acteur.
Depuis les années 2000, Michel Keller continue de jouer dans des productions théâtrales et cinématographiques, notamment dans "La Vie secrète des adultes" (2004) et "30 vies" (2015).
En 2018, il reçoit le prix Gémeaux à vie pour son immense contribution à la télévision québécoise.
Michel Keller est également impliqué dans diverses activités caritatives et a reçu plusieurs récompenses en reconnaissance de sa contribution humanitaire. Il est aussi connu pour être un défenseur actif des droits des personnes LGBTQ+.