Après des études au Lycée de La Haye et au Collège de Leyde, il s'oriente vers la peinture. Il entre à l'Académie royale des beaux-arts d'Amsterdam en 1894, où il suit les cours de Richard Roland Holst, Willem Buys et Jan Toorop.
En 1897, van der Brugghen rencontre Anton Mauve qui l'initie au Pointillisme. Il participe à des expositions collectives avec le groupe d'artistes "De Tachtig". En 1899, il se rend à Paris où il entre en contact avec les peintres de la Nabis et du Post-Impressionnisme.
De retour aux Pays-Bas, van der Brugghen s'installe à Berck sur mer en 1902. Son travail est marqué par l'Inspiration des paysages des dunes et de la mer. Il peint dans un style qui évolue vers une synthèse des courants artistiques qui l'ont influencé, du Pointillisme au Fauvisme en passant par le Symbolisme.
Van der Brugghen est également un illustrateur remarquable. Ses dessins sont publiés dans des magazines comme "The Studio" et "Century Magazine". Il réalise aussi des illustrations pour des livres tels que "L'Alouette" de Charles Perrault, "Fables" de La Fontaine ou encore "Le Petit Chaperon Rouge" de Charles Perrault.
En 1908, il devient membre du groupe d'avant-garde "De Ploeg". En 1914, il épouse Helena Geertruida van Loo, une autre artiste peintre néerlandaise.
Van der Brugghen meurt en 1936 à Berck sur mer. Sa carrière artistique a été marquée par son engagement dans divers groupes artistiques et sa participation à des expositions collectives. Ses œuvres sont conservées dans plusieurs musées, dont le Musée d'Orsay de Paris, le Musée Boijmans Van Beuningen de Rotterdam et le Museum Kröller-Müller de Otterlo.