Après des études à l'université de Los Andes à Bogota, Madrid a commencé sa carrière professionnelle comme assistant réalisateur sur diverses productions télévisées colombiennes. Son premier travail important fut le scénario du film *La vendedora de rosas* en 2004.
Il s'est ensuite fait connaître pour ses adaptations télévisées des romans de l'écrivain vénézuélien Romulo Gallegos, notamment *Dona Barbara* et *Doña Bárbara*, qui ont été diffusés sur la chaîne colombienne RCN.
En 2014, Madrid a réalisé son premier long-métrage, *El Clon*, produit par Televisa au Mexique. Le film fut un échec critique et commercial.
Cependant, c'est sur la télévision qu'il connaît sa plus grande réussite. En 2016, il crée *La reina del sur*, une série télévisée diffusée sur Netflix. La série raconte l'histoire de Macarena, une jeune femme qui devient une puissante criminelle après avoir été victime d'un vol à son encontre. La série a été un grand succès critique et public, et Madrid a remporté plusieurs récompenses pour son travail.
En 2019, il crée *La JaurÃa*, une autre série télévisée diffusée sur Netflix, qui raconte l'histoire de plusieurs femmes qui sont détenues dans un centre pénitentiaire et doivent s'unir pour survivre. La série a été également acclamée par la critique et le public.
Juan Luis Madrid est considéré comme une des figures les plus importantes du cinéma et de la télévision colombiennes contemporaines, et son travail continue à être apprécié par le grand public. Il est notamment connu pour sa capacité à adapter des histoires complexes et dramatiques de manière attrayante et accessible.