Après avoir servi comme officier dans les colonies françaises d'Amérique, il partit en 1753 pour l'Empire Ottoman où il voyagea pendant quinze ans dans les pays du Moyen-Orient et d'Asie centrale. Son voyage fut le premier à être décrit en détail par un Français sur ces régions.
Pernety a laissé une œuvre importante en botanique, puisqu'il a étudié et recueilli des plantes dans les pays où il voyagé, notamment dans les zones humides de l'Égypte et du Liban. Il a également fait plusieurs découvertes botaniques importantes, telles que la description d'une nouvelle espèce de palmier nommée Phoenix dactylifera (date palm).
Pernety est aussi connu pour ses travaux sur l'agriculture, notamment sur la culture du coton en Égypte. Il a été considéré comme un des premiers experts européens sur la culture du coton et a fait de nombreuses recommandations pour améliorer sa production dans le monde.
De Pernety est également connu pour ses études linguistiques, puisqu'il a appris plusieurs langues orientales et occidentales, notamment l'arabe, le persan et le turc. Il a écrit un dictionnaire arabe-français qui a été largement utilisé dans les milieux scientifiques français au XVIIIe siècle.
Enfin, Pernety est considéré comme l'un des précurseurs de la pharmacopée officinale française, puisqu'il a collecté et classé de nombreuses substances végétales à usage médicinal dans les régions où il voyagé. Sa collection de plantes médicinales est conservée à la Faculté de Pharmacie de Paris.
En résumé, Joseph Marie de Pernety a été un explorateur français important du XVIIIe siècle qui a laissé une œuvre importante en botanique, agronomie et linguistique. Son travail a contribué à l'avancement des connaissances scientifiques sur les régions orientales et a également été utilisé pour améliorer l'agriculture dans le monde.