Né à Krefeld en Rhénanie-du-Nord-Westphalie, Beuys a grandi dans une famille de la bourgeoisie rurale. Il a servi comme pilote de chasse dans la Luftwaffe pendant la Seconde Guerre mondiale avant d'être capturé par les Soviétiques et fait prisonnier. Il rapporta cette expérience en Sibérie, où il raconte avoir été soigné par des nomades samoyèdes et recouvert de cire et de pollen pour guérir de ses blessures. Cette histoire a souvent servi de fond à ses performances artistiques.
Après la guerre, Beuys étudia l'art à l'Académie d'État des arts appliqués de Cassel (Staatliche Kunstakademie Düsseldorf), où il fut formé par le peintre Ewald Mataré. Il devint un membre important du Groupe Zero, un collectif allemand fondé en 1965 pour promouvoir une approche minimaliste et non-figurative de l'art.
Parmi ses principaux travaux figuraient la sculpture "I Like America and America Likes Me" (1974), où il passa trois jours dans une pièce fermée avec une coyote, ainsi que le film "The Secret Teaching of Aaron" (1963). Beuys était connu pour son utilisation de matériaux non traditionnels tels que la cire et la pollen, qui étaient souvent incorporés à ses performances artistiques.
En plus de sa pratique artistique, Beuys s'engagea activement dans la politique en tant que membre du Parti socialiste unifié (SED) de l'Allemagne de l'Est et du Mouvement du 2 Juin pour une république allemande démocratique (Bewegung 2. Juni für eine demokratische deutsche Republik). Il fut élu au Parlement européen en 1979 sous les couleurs du Mouvement du 2 Juin.
Beuys décéda d'une pneumonie le 23 janvier 1986 à l'âge de 64 ans. Son influence est continue dans la scène artistique contemporaine, et il est considéré comme l'un des principaux artistes allemands du XXe siècle.