Il a obtenu son diplôme de l'université Stanford en 1972 avant d'entrer au Massachusetts Institute of Technology pour poursuivre ses études supérieures. En 1980, il a reçu un doctorat en génie civil pour sa thèse sur les matériaux composites et les structures complexes.
Warren est particulièrement connu pour son travail sur la séismologie et l'ingénierie sismique. Il a travaillé comme consultant pour plusieurs compagnies pétrolières et industrielles, notamment Bechtel, Fluor Corporation et KBR. En 2005, il a rejoint la société Structural Dynamics Research Corporation (SDRC) en tant que directeur technique de leur division ingénierie sismique.
En 1994, Warren a coécrit avec Kari Watanabe le livre "Learning from Earthquakes: The Northridge Experience" qui analyse la faible performance des structures de béton armé dans le tremblement de terre de Nordridge de 1994. Le livre a été largement consulté par les ingénieurs, architectes et constructeurs en ce qui concerne la conception et la construction de bâtiments résistants à l'effet séismique.
Warren est également un chercheur actif dans le domaine des matériaux composites et a publié plus de 100 articles scientifiques sur cette matière. Il a reçu plusieurs distinctions pour son travail, notamment la médaille John A. Blume en 2013 pour "son impact exceptionnel sur les technologies de construction civiles" et la médaille James R. Garfield de l'Association américaine des ingénieurs civils en 2014 pour "ses contributions remarquables à l'industrie de la construction".
Enfin, John Warren est considéré comme un expert reconnu dans le domaine de la séismologie et de l'ingénierie sismique et continue à travailler actuellement en tant que consultant pour diverses entreprises et institutions.