Il a commencé sa carrière en 2004 avec des apparitions occasionnelles dans des séries comme « NYPD Blue », « Cold Case » et « Law & Order: Criminal Intent ». En 2006, il a obtenu son premier rôle régulier dans la série dramatique médicale « General Hospital ». Il y interprétait le personnage de Mike Korliss jusqu'en 2012.
En 2013, John Vera a rejoint la distribution principale de la série télévisée dramatique de ABC Family, « Twisted », dans le rôle d'Agent Rex Powell. La même année, il est apparu dans un épisode de la série médicale télévisée de la NBC, « Chicago Fire », et dans un épisode de la série de science-fiction de Fox, « Fringe ».
En 2014, John Vera a été choisi pour interpréter le rôle principal du personnage Lt. Elias Tate dans la série télévisée d'ABC, « Resurrection », qui a reçu un accueil mitigé des critiques et n'a pas été renouvelée pour une troisième saison.
En 2015, John Vera a joué le personnage de l'officier Joe Kernan dans la série télévisée dramatique de NBC, « Chicago P.D. », dans un épisode intitulé "Confessions". La même année, il a également joué dans un épisode de la série télévisée de suspense d'ABC, « Quantico ».
En 2016, John Vera a été choisi pour interpréter le personnage principal du film indépendant de science-fiction, « The Infinite Man », qui a été présenté au Festival international du film de Toronto et à d'autres festivals internationaux. Il a également joué dans un épisode de la série télévisée dramatique de FX, « The Strain ».
En 2017, John Vera a rejoint la distribution principale de la série télévisée dramatique de Fox, « Shots Fired », qui traite des questions raciales et sociales dans l'Amérique contemporaine. La même année, il a également joué dans un épisode de la série télévisée d'anthologie de Netflix, « Black Mirror ».
John Vera continue actuellement à travailler dans le milieu du cinéma et de la télévision, en apparaissant dans des productions telles que "Blindspot", "Chicago Med" et "For the People".