Né à New York, Longyear a commencé sa carrière en tant qu'agent de change à Boston avant de se tourner vers le commerce des fourrures en Alaska et au Canada. En 1899, il acquit une concession d'exploitation minière dans l'île de Ellesmere au Groenland et fonda la Longyear Expedition Company pour extraire du charbon de cette région.
Cependant, les conditions climatiques extrêmes rendaient difficile l'exploitation minière dans l'île, si bien que Longyear décida de se tourner vers une autre ressource naturelle : le caribou. En 1903, il achèta une grande concession d'exploitation sur la côte nord-est du Groenland et fit construire des installations pour l'extraction du caribou.
Longyear a également été impliqué dans la politique du Groenland, prenant part à des négociations avec le Danemark, qui possédait alors le territoire, pour obtenir des droits d'exploitation et de chasse. Il a également financé plusieurs expéditions scientifiques dans l'île, y compris celles de Robert Peary et Frederick Cook, les premiers explorateurs à atteindre le pôle Nord.
Longyear a également fait construire la ville de Longyearbyen sur la côte nord-ouest du Groenland, qui reste aujourd'hui la plus grande ville du territoire.
Malgré ses contributions à l'exploitation des ressources naturelles du Groenland, Longyear a été critiqué pour son exploitation des caribous et sa manière de gérer les ressources naturelles de l'île. Les critiques ont également porté sur sa gestion des installations minières, qui ont laissé une importante trace écologique dans l'île d'Ellesmere.
John Munro Longyear a finalement vendu ses intérêts au Groenland en 1906 pour se consacrer à ses affaires à Boston. Il est décédé en 1922 à son domicile de Cambridge, dans le Massachusetts.