Né à Amherst (Nouvelle-Écosse), John Milne est diplômé de l'Université Queen's en 1872 et de l'Université Harvard en 1875, où il a reçu un doctorat en géologie. Il est ensuite retourné à l'université Queen's pour travailler comme professeur adjoint de mathématiques et de géologie.
En 1883, Milne a accepté le poste de directeur du Musée national de l'Indian Archaeological Survey d'Inde. Cependant, il n'a pas resté longtemps dans ce poste car sa passion pour la géologie l'a amené à voyager et étudier les formations géologiques du Canada maritime.
De 1887 à 1904, Milne a travaillé avec le gouvernement canadien en tant que géologue chargé des recherches sur la formation des roches prémétamorphiques du Canada maritime. Durant cette période, il a effectué de nombreuses expéditions pour identifier et étudier les formations géologiques dans la région.
En 1890, Milne a publié un article qui a identifié pour la première fois la présence d'une énorme formation rocheuse datant de l'ère précambrienne nommée le "Gneiss de Bay St. George". Cette découverte a été une révolution pour la compréhension des roches du Canada maritime et de leur histoire géologique.
En 1897, Milne a également découvert le "Gneiss de Gaspé", un autre énorme formation rocheuse datant de l'ère précambrienne. Cette découverte a été aussi importante pour la compréhension des roches du Canada maritime et de leur histoire géologique.
Milne est également connu pour avoir proposé le "principe de Milne" dans le domaine de la minéralogie, qui stipule que deux minéraux différents ne peuvent pas être formés à une température inférieure à 1000 degrés Celsius.
Enfin, John Milne est décédé en 1918 à l'âge de 68 ans. Sa contribution importante au domaine de la géologie est encore reconnue et admirée aujourd'hui. Il reste un exemple de persévérance, de passion pour la science et de réussite dans le domaine académique.