Né le 18 septembre 1945 à Charlotte (Caroline du Nord), il a grandi à State College (Pennsylvanie) et a étudié à l'université des Sciences de Pennsylvanie et à l'université du Michigan. Il est diplômé d'une maîtrise en mathématiques et informatique.
En 1987, McAfee fonde la société McAfee Associates, qui produit le premier antivirus pour les ordinateurs personnels. L'entreprise connaît un grand succès, avec plus de cinq millions d'utilisateurs en 1989. En 1994, il quitte la direction de la société McAfee Associates mais reste son actionnaire principal.
En 2010, McAfee est recherché par les autorités belges pour des charges connexes à la drogue et aux armes. Il se réfugie au Belize, où il vit pendant cinq ans, jusqu'à ce qu'il soit arrêté en décembre 2012 sur des accusations de fraude fiscale et d'avoir évité les impôts. McAfee nie ces accusations et affirme que le gouvernement du Belize cherche à le silencer après avoir découvert qu'il avait décrypté un important réseau de corruption.
En 2013, il revient aux États-Unis pour être jugé. En 2014, il est reconnu coupable et condamné à une peine de prison avec sursis de deux ans. Il est libéré en 2019 après avoir purgé son temps de prison.
McAfee a également été connu pour sa participation aux élections présidentielles américaines en 2016, où il a figuré comme candidat de la Libertarian Party. Plus tard, il se déclare candidat à l'indépendance du pays imaginaire "Paradise" sur la plateforme Blockchain at Birthright.
Depuis sa libération, McAfee est devenu un investisseur et promoteur de la cryptomonnaie, notamment Bitcoin. Il a également créé une chaîne YouTube où il partage ses opinions sur la politique, les technologies et les nouvelles tendances en matière d'innovation.