John Mackey est né le 13 octobre 1963 à Birmingham (Alabama, États-Unis). Il a grandi dans un environnement très contexte religieux et conservateur, ce qui l'a influencé dans ses choix ultérieurs en matière de vie professionnelle.
En 1984, alors qu'il étudiait à la Rice University (Houston, Texas), il a cofondé sa première entreprise, Lazy-A Ranch, qui vendait des produits agricoles biologiques. En 1985, il a pris le nom de Whole Foods Trading Company pour son entreprise, ce qui deviendra plus tard Whole Foods Market.
John Mackey est connu pour être un pionnier du mouvement "green" et de la production alimentaire biologique. Il a toujours été engagé dans la promotion des pratiques éthiques et écologiques en matière d'alimentation.
En 1988, il a rencontré Whitney Gillette, qui était également une entrepreneure dans le domaine de l'alimentation biologique. Ils ont travaillé ensemble et ont ouvert plusieurs magasins Whole Foods Market en Texas. En 1992, ils ont décidé de fusionner leurs entreprises pour former Whole Foods Market LLC.
John Mackey a servi comme PDG de Whole Foods Market à partir de 1994. L'entreprise est devenue une grande force dans la distribution d'aliments biologiques et a ouvert des centaines de magasins aux États-Unis et au Canada. En 1992, elle a été cotée en bourse.
John Mackey est également connu pour être un écrivain prolifique. Il a écrit plusieurs livres sur l'entrepreneuriat et la gestion d'entreprise, notamment "Conscious Capitalism: Liberating the Heroic Spirit of Business". Il est également très engagé dans la promotion de la consommation responsable et a été invité à parler dans des conférences internationales sur l'entrepreneuriat et le développement durable.
En 2017, il a annoncé qu'il allait cesser d'être PDG de Whole Foods Market pour devenir président exécutif et que son rôle serait pris par un autre directeur. Il a également annoncé son intention de se concentrer sur la promotion des idées de capitalisme conscient.
En 2018, il a été nommé au poste de président du conseil d'administration du Forum économique mondial, une organisation internationale qui promeut le dialogue et les échanges entre acteurs économiques, politiques et culturels du monde entier.