Il a étudié au département des arts dramatiques de l'Université de la Colombie-Britannique. Son premier long métrage, "The Secret Diary of Miss Anne Lister", sorti en 1992, a été bien accueilli par la critique et a valu à John Krizanc le prix du meilleur réalisateur aux Genie Awards (prix canadiens du cinéma).
En 1996, il réalise "The Boys of St. Vincent", une adaptation de l'ouvrage de Robert Persaud sur les abus sexuels qui se produisaient dans un orphelinat à Trinidad aux années 1940 et 1950. Le film a été salué par la critique et a remporté plusieurs prix, dont le Prix Génie du meilleur acteur pour Lochlyn Munro.
En 2001, il réalise "The Shape of Water", un film d'horreur qui raconte l'histoire d'un groupe de personnes qui se retrouvent coincé dans une cabane isolée avec une créature aquatique. Le film a été acclamé par la critique et a valu à John Krizanc le prix du meilleur réalisateur au Festival international du film fantastique de Bruxelles.
En 2006, il réalise "The Colony", un film d'horreur post-apocalyptique qui raconte l'histoire d'une colonie humaine qui se retrouve confrontée à une menace venant de l'extérieur de la colonie. Le film a été acclamé par la critique et a remporté plusieurs prix, dont le Prix Génie du meilleur acteur pour William B. Davis.
John Krizanc est également connu pour avoir réalisé les épisodes "Siren" et "Lost Souls" de la série télévisée "X-Files".
Au cours de sa carrière, John Krizanc a reçu plusieurs prix et reconnaissances pour son travail dans le cinéma et la télévision. Il est considéré comme l'un des réalisateurs les plus prometteurs du Canada.