Hawkins est né à Plymouth (Angleterre) vers 1532. Il commença sa carrière comme capitaine de navire pour son oncle, Edward Hawkins, qui était déjà actif dans le commerce maritime en Angleterre et en Écosse.
En 1562, Hawkins mena une expédition vers la côte ouest africaine avec le capitaine Richard Chancellor pour chercher de nouvelles routes vers l'Asie. Ils atteignirent la Russie, et plus précisément la ville de Arkhangelsk, qui devint un point d'arrêt important dans les relations commerciales anglaises avec la Russie pendant plusieurs siècles.
En 1563, Hawkins se rendit au Brésil, où il participa à la première expédition de sir Martin Frobisher, à la recherche du passage nord-ouest vers les Indes.
Mais c'est surtout dans le domaine du commerce triangulaire transatlantique que John Hawkins s'illustra réellement. Cet échange commerçal consistait à importer des esclaves africains, les envoyer en Amérique pour y travailler et ensuite d'y exporter des produits comme le sucre, la canne à sucre ou l'indigo. Cette activité était illégale en Angleterre, mais elle était tolérée dans d'autres pays, notamment en Espagne, qui possédait de vastes territoires américains.
En 1567 et 1568, Hawkins effectua deux expéditions vers la côte ouest africaine pour l'acheter des esclaves africains, puis les envoya en Amérique du Sud où ils étaient échangés contre du sucre. Ces expéditions furent cependant arrêtées par la couronne espagnole et Hawkins dût revenir en Angleterre.
C'est à partir de ce moment que les relations entre Hawkins et la couronne anglaise se détériorèrent. En effet, elle considérait que le commerce triangulaire transatlantique était contre-productif pour l'Angleterre et que son activité devait être interdite.
Malgré tout, Hawkins continua à œuvrer dans ce domaine illégal. En 1577, il mènera une nouvelle expédition de commerce transatlantique qui sera le sujet d'un livre, *A Voyage Intented Towards the South-West Indies*, publié en 1622.
Finalement, Hawkins fut arrêté et condamné pour piraterie par la couronne anglaise, mais il mourut avant son jugement. Il est décédé en juin 1595 à Plymouth.
Sa carrière et ses actions ont été controversées tout au long de son existence et même après sa mort. On le considère comme un pionnier du commerce maritime anglais, mais aussi comme un pirate ou un traître à la couronne. Malgré cela, son influence sur les développements commerciaux et maritimes anglais est incontestable.