Avant sa carrière gouvernementale, John Brennan travailla durant vingt ans pour la Central Intelligence Agency (CIA), où il fut notamment directeur des opérations clandestines de 1996 à 1999 et directeur adjoint du renseignement en chef entre 2001 et 2004. Il est particulièrement connu pour sa participation à la création du programme d'écoutes téléphoniques des citoyens américains après les attentats du 11 septembre 2001.
En 2008, John Brennan fut nommé conseiller principal et directeur pour les affaires de sécurité nationale au sein de l'équipe de campagne électorale de Barack Obama, poste qu'il occupa jusqu'en janvier 2013. Il prit alors la tête du NSC en tant que directeur des politiques et des stratégies de sécurité nationale, où il s'attela à la lutte contre le terrorisme islamiste, aux relations avec les pays émergents et à la politique américaine en matière de cyberdéfense.
En 2013, John Brennan fut également nommé directeur de la CIA par Obama, poste qu'il occupa jusqu'à la fin du mandat présidentiel en janvier 2017. Durant son mandat à la tête de la CIA, il continua à s'engager dans des actions militaires telles que les raids aériens contre les cibles terroristes et les détenteurs d'armes de destruction massive, tout en travaillant à renforcer la sécurité informatique du pays.
John Brennan est considéré comme un expert en politique étrangère et en défense nationale, ayant travaillé pour le gouvernement américain pendant presque quarante ans. Il s'est fait remarquer par ses positions politiques progressistes et sa défense des droits de l'homme, ce qui lui valut la reconnaissance de la communauté politique américaine.