Originaire d'une famille juive, John Franklin Howe a commencé ses études musicales au lycée de Brooklyn, où il apprit la composition et le piano. Il a poursuivi ses études à l'université Yale en musicologie (1953-1957), puis à l'Université Harvard en composition (1960-1962) et à l'Institut de recherche musicale de Princeton (1962-1964).
Sa carrière a été marquée par la composition de nombreuses œuvres originales, dont des symphonies, des opéras, des pièces pour orchestre, des quatuors à cordes et diverses autres compositions instrumentales. Parmi ses principales œuvres figurent "The Age of Reason", une symphonie qui a été interprétée plus de 100 fois dans le monde entier, ainsi que son opéra "Giselle" créé à Santa Fe en Nouveau-Mexique en 1978.
Ses compositions ont été commandées par des orchestres renommés tels que l'Orchestre philharmonique de New York et l'orchestre symphonique de Boston, ainsi qu'à l'occasion de nombreuses festivals internationaux. Son style musical est caractérisé par sa richesse chromatique et son expression romantique.
John Franklin Howe a été récompensé pour ses compositions par plusieurs prix tels que le Prix Pulitzer (1976) pour "The Age of Reason" et le Prix de la fondation Guggenheim (1970). Il a également enseigné à l'université Yale (1965-1974), à l'université Columbia (1974-1982) et à l'université Harvard (1982-1995).
Sa carrière a été marquée par un grand succès critique et commercial, mais également par des difficultés personnelles liées à sa homosexualité. En 1970, il a été arrêté pour prostitution et condamné à une peine de prison avec sursis, ce qui l'a poussé à s'exiler en Europe où il a vécu pendant plus d'une décennie avant de rentrer aux États-Unis pour reprendre son poste d'enseignant à Harvard.
John Franklin Howe est mort le 5 novembre 1995 à Los Angeles à l'âge de 60 ans, la cause officielle de sa mort étant une crise cardiaque. Il a été enterré dans un cimetière juif de Brooklyn (New York). Son œuvre continue d'être interprétée et est considérée comme une référence importante dans le domaine de la musique classique moderne.