Né à Portland (Oregon), John Flynn a grandi dans une famille d'ascendance irlandaise et suisse. Après des études secondaires à la Montana School of Mines et au Reed College, il s'engage comme volontaire dans l'Armée américaine pendant la Première Guerre mondiale en 1917. Il a servi en France pendant le conflit et a été décoré de deux Croix de service distingué pour son courage et ses actions héroïques.
Après sa démobilisation de l'Armée, Flynn est retourné à Portland et a rejoint la Congrégation épiscopale méthodiste unie en tant que prêtre. En 1923, il a reçu son ordination sacerdotale.
En 1926, Flynn a commencé à travailler pour le Département des Postes et du télégraphe en tant qu'agent postal dans le sud-ouest de l'Oregon. Il a rapidement démontré une grande compétence professionnelle et un fort engagement dans son travail, ce qui lui a valu des promotions rapides au sein de l'organisation.
En 1928, Flynn a été transféré à Winnemucca, en Nevada, où il s'est impliqué activement dans la communauté locale. Il a fondé le premier service postal automobile de l'État et a mis sur pied un service d'évacuation sanitaire aérien pour les zones reculées du Nevada.
En 1934, Flynn a rejoint le comité consultatif de la Western Union et a été nommé directeur général adjoint du département des postes et du télégraphe en 1938. Il a continué à travailler dans cet emploi jusqu'en 1940, lorsqu'il a été nommé à la direction de l'Air Evacuation Service.
En tant que directeur général de l'Air Evacuation Service, Flynn a fait de cette organisation une force motrice importante dans les efforts de secours aux communautés en cas d'urgence. Il a également travaillé pour la création de la Civilian Air Patrol et a servi en tant que membre du conseil consultatif de l'organisation.
John Flynn est mort à Washington DC le 22 août 1957. En reconnaissance de sa contribution au département des postes et du télégraphe, il a été intronisé à la Postal Hall of Fame en 1968. Son héritage continue de nous inspirer dans l'industrie postale et les services d'urgence sanitaire aérien jusqu'à ce jour.