Après ses études à l'Université Carnegie-Mellon, John Cuniberti a commencé sa carrière en tant qu'ingénieur du son pour les groupes de rock progressif Rush et Kansas au cours des années 1970. Dans les années 1980, il a fondé son propre studio d'enregistrement, Capitol Records Recording Studio B, situé à Hollywood. Il a continué à travailler en tant qu'ingénieur du son pour des artistes tels que Alice Cooper, The Motels et X.
En 1984, John Cuniberti a commencé à travailler avec le musicien Frank Zappa sur l'enregistrement de plusieurs albums, y compris *Frank Zappa Meets the Mothers of Prevention*, *Jazz from Hell* et *Broadway the Hard Way*. Il a également participé à la réédition de nombreux enregistrements de Zappa.
Parallèlement à sa carrière d'ingénieur du son, John Cuniberti est également connu comme musicien, en particulier comme claviériste et compositeur. Il a joué avec des groupes tels que The Residents et Sun Ra, et a sorti plusieurs albums sous son propre nom, dont *The Hologram* (1985) et *Cool Blue Halo* (2007).
En outre, John Cuniberti est connu pour ses contributions à la technologie de l'enregistrement audio. Il a travaillé avec le fabricant d'appareils audio Synclavier sur des améliorations et des innovations. Il a également fondé sa propre société de développement de logiciels, MusicLab, qui produit des applications software pour les claviers MIDI.
Aujourd'hui, John Cuniberti continue à travailler comme ingénieur du son et musicien, en plus d'enseigner la technologie audio à l'Université de Californie du Sud (USC). Il est reconnu comme un expert dans le domaine de l'enregistrement audio et de la musique électronique.