Après des études supérieures en lettres à l'Université de Rennes I, il s'oriente vers la carrière journalistique en travaillant pour plusieurs quotidiens régionaux et nationaux tels que *Ouest-France*, *Le Monde* ou *Libération*.
En parallèle à sa carrière journalistique, Jean-Yves Le Fur se consacre également à l'écriture de poésie. Ses premiers recueils, "Chanson du désir" (1980) et "La nuit des jours" (1983), sont bien accueillis par la critique littéraire.
Dans les années 1990, il publie plusieurs romans dont "Les vents de l'oubli" (1994), "Le jardin secret" (1995) et "La nuit des innocents" (1998). Ses œuvres abordent souvent des sujets sombres, tels que la mort, l'amour et le souvenir.
En 2006, Jean-Yves Le Fur publie "Le silence des fleurs", un livre qui retrace sa lutte contre une maladie rare et très agressive : la leukémie aiguë myéloïde. Ce récit autobiographique est salué par la critique et obtient plusieurs prix littéraires, dont le Prix Goncourt du premier roman.
En 2013, il publie "La dernière nouvelle", son dernier roman jusqu'à présent, dans lequel il retrace sa rencontre avec un autre patient atteint de la maladie dont il avait lui-même souffert.
Jean-Yves Le Fur est également connu pour ses nombreux ouvrages de littérature jeunesse, notamment "Le secret des étoiles" (1990) et "Les enfants du silence" (2008), qui ont été traduits en plusieurs langues.
Au-delà de sa carrière d'écrivain, Jean-Yves Le Fur a également exercé différentes fonctions dans le monde littéraire, dont celles de président de la Société des écrivains de Bretagne et de membre du jury du Prix Goncourt.