Après des études à l'École supérieure d'études cinématographiques (ESEC) de Saint-Maurice, il débute en tant que scénariste pour la télévision et le cinéma. Il travaille notamment avec Claude Lelouch sur les films "Les Fous de l'aventure" en 1965 et "Le Voyage" en 1974.
En 1972, il réalise son premier long-métrage, "L'amour avalé", qui est sélectionné au Festival de Cannes. Cependant, c'est avec le film "Un flic" en 1975 qu'il connaît le grand succès et qu'il se fait un nom dans la cinématographie française. Ce film marque également le début d'une collaboration entre Noher et son interprète principal, Lino Ventura.
En 1976, Jean-Pierre Noher réalise "L'Avare", une adaptation de l'œuvre de Molière. La même année, il tourne "Flic ou Voyou" avec Lino Ventura et Louis Jourdan, qui est également un succès commercial.
En 1978, Jean-Pierre Noher réalise son premier film pour la télévision, "La Famille Fenouillard". La série, devenue culte, est actuellement diffusée sur France 2.
En 1980, il réalise "Un flic à New York" et en 1982 "L'As des as". Les deux films ont été interprétés par Lino Ventura. En 1984, Jean-Pierre Noher réalise "Le Guignolo", avec Michel Serrault, qui est également une adaptation d'une pièce de théâtre de Marcel Achard.
En 1986, il réalise "Flic ou Voyou 2", qui marque la suite des aventures de Jean Deleuze, interprété par Lino Ventura. La même année, il réalise également "Un flic à Rio".
Jean-Pierre Noher poursuit ensuite une carrière prolifique en tant que réalisateur pour la télévision. Il réalise notamment "La Maison de l'exil", "L'Enfant des autres" et "Le Bateau qui voguait sur l'ocean".
Depuis 2017, Jean-Pierre Noher a pris sa retraite.