Après des études de lettres et de philosophie, Jean-Pierre François s'oriente vers le monde du cinéma en travaillant pendant plusieurs années comme assistant réalisateur. C'est au milieu des années 1970 qu'il débute dans la réalisation de courts métrages d'animation puis produit son premier long métrage, "Les Maîtres du temps", sorti en 1982. Ce film est un succès critique et remporte plusieurs récompenses, notamment le César du meilleur court-métrage en 1983.
En 1985, Jean-Pierre François produit son deuxième long métrage d'animation, "Les Aventures de Rabbi Jacob", un film inspiré de la Bible hébraïque et qui obtient également plusieurs prix, dont le César du meilleur film d'animation en 1986.
Dans les années suivantes, Jean-Pierre François continue à réaliser des films d'animation, notamment "Le Petit Prince" en 1987 et "Les Rois mages" en 2000. Il travaille également pour la télévision, réalisant plusieurs épisodes de séries animées comme "La Bande à Picsou", "Jim Knopf" ou encore "L'Empereur Mauvais".
En 1995, Jean-Pierre François produit le documentaire "La Vie secrète des abeilles", consacré aux apidés et qui remporte de nombreux prix. Il produira également des documentaires sur d'autres sujets tels que la vie sous l'eau ou les oiseaux.
En 2005, Jean-Pierre François réalise un nouvel opus majeur en animant le roman de Victor Hugo "Les Misérables". Ce film est un grand succès critique et remporte plusieurs récompenses, notamment le César du meilleur film d'animation en 2006.
Jean-Pierre François est également connu pour son travail dans l'édition de livres pour la jeunesse. Il a été le directeur artistique de la collection « Les Grands Contes » chez Nathan et a réalisé plusieurs illustrations pour des éditeurs tels que Bayard, Larousse ou Hachette.
Au cours de sa carrière, Jean-Pierre François a reçu de nombreuses récompenses, notamment le Prix Michel-Ocelot en 2006, le Lion d'or à la Mostra de Venise en 1985 et 2005 et l'Étoile d'Or à la Berlinale en 1997.