Après des études à l'École normale supérieure et à l'Université de Strasbourg, Jean Pierre Fougerat a commencé sa carrière à l'IFAO en tant qu'assistant en 1967. Son travail de terrain l'a mené à de nombreux sites archéologiques égyptiens, notamment le site de Saqqarah et la nécropole royale de Deir el-Bahari.
En plus de ses travaux sur les textes hiéroglyphiques, Jean Pierre Fougerat s'est particulièrement intéressé à l'histoire des pharaons de la Ve et VIe dynasties de l'Ancien Empire d'Égypte. Sa thèse de doctorat, intitulée "Le règne d'Ouserkaf", est une étude détaillée de cette période importante de l'histoire égyptienne.
En 1984, Jean Pierre Fougerat a été nommé directeur général de l'IFAO. Dans ce rôle, il a continué à travailler sur les sites archéologiques de l'Égypte et à promouvoir la recherche égyptologique internationale. Il est également connu pour avoir participé à la découverte d'une tombe égyptienne inconnue, appartenant à la reine Hetep-Heres (VIe dynastie).
Jean Pierre Fougerat a été nommé officier de la Légion d'honneur en 1994 pour ses services rendus à l'Égypte et à la recherche égyptologique. Il est également membre correspondant de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, ainsi que membre honoraire de la Société royale de géographie du Caire.
Jean Pierre Fougerat a publié de nombreux ouvrages sur l'histoire de l'Égypte ancienne, dont "La tombe d'Hetep-Hérès" (1987) et "Les pharaons de la Ve et VIe dynasties" (2003). Il est également rédacteur en chef du Bulletin de l'Institut français d'archéologie orientale.
Il a été nommé directeur général honoraire de l'IFAO à sa retraite en 2008 et continue à travailler sur des projets égyptologiques à partir du campus de l'Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3.