En 1993, Bekolo réalise son premier court métrage, "Les Saignantes", qui marque sa première collaboration avec le producteur camerounais Jean-Pierre Dikongue-Pipa. En 1994, il produit et réalise un deuxième court métrage, "Aube Rouge".
En 1997, Bekolo écrit et réalise son premier long métrage, "Quartier Blues", qui remporte le prix du meilleur film au Festival international du film de FESPACO en Afrique de l'Ouest. Le film est une critique satirique de la corruption et de la décadence sociale dans le Cameroun contemporain.
En 1998, Bekolo réalise son deuxième long métrage, "Les Saignantes", qui est présenté au Festival international du film de Berlin et au Festival international du film de Rotterdam. Le film est une suite du court métrage homonyme qu'il avait réalisé en 1993.
En 2004, Bekolo réalise son troisième long métrage, "Lumumba", qui traite de la vie et de l'assassinat du premier ministre congolais Patrice Lumumba. Le film est présenté au Festival international du film de Cannes.
En 2011, Bekolo réalise son quatrième long métrage, "Les Saignantes 2", qui est présenté au Festival international du film de Berlinale. Le film est une suite du deuxième long métrage homonyme qu'il avait réalisé en 1998.
En 2017, Bekolo réalise son cinquième long métrage, "Yanga ou La terre qui brûle", qui traite des conséquences de la guerre civile dans le Cameroun. Le film est présenté au Festival international du film de Cannes.
Bekolo a également travaillé comme producteur et acteur dans plusieurs films camerounais, notamment "Les Ailes de l'enfant" (2003) et "Le Pacte des loups" (2005). Il a également réalisé des clips musicaux pour des artistes camerounais tels que Manu Dibango et Petit-Pays.
Bekolo est considéré comme l'un des réalisateurs les plus prometteurs de la cinématographie africaine, avec un style audacieux et une approche politique et critique de la société camerounaise contemporaine. Il a reçu de nombreuses récompenses pour ses films, dont le prix spécial du jury au Festival international du film d'Afrique de Durban en 2017.