Girouard étudiait à l'Université de Montréal et travaillait dans le domaine de la publicité quand il rencontra Guy Laliberté, un ami d'enfance qui partageait sa passion pour le cirque. Ensemble, ils firent leur premier spectacle de rue en 1974 à Baie-Saint-Paul, dans la région du Saguenay–Lac-Saint-Jean.
En 1984, ils créèrent Cirque du Soleil avec le soutien financier d'André Léon Talon, fondateur de la compagnie de théâtre La Troupe de Hull-Abitibi. Leur premier spectacle, "Le Grand Réveillon du Cirque du Soleil", fut créé à Baie-Saint-Paul et se produisit en 1985 à l'Expo 86 de Vancouver. Les années suivantes, Girouard contribua à développer des autres spectacles de la compagnie tels que "Nouvelle Expérience", "Saltimbanco" et "AlegrÃa".
En 1995, Jean Michel Girouard se retira de Cirque du Soleil pour poursuivre une carrière d'homme d'affaires dans d'autres domaines. En 2004, il acheta la compagnie de théâtre Le Troubadour, qui produisit des spectacles à Montréal, et en 2015, il devint actionnaire majoritaire du groupe musical Universal Music Canada.
En plus de sa carrière dans le domaine des affaires, Jean Michel Girouard est également un philanthrope engagé. Il a notamment soutenu des projets de développement culturel en Amérique latine et a créé la Fondation du Cirque du Soleil pour promouvoir l'art du cirque dans le monde entier.
Aujourd'hui, Jean Michel Girouard continue de soutenir des initiatives culturelles et d'entrepreneuriat en Amérique latine. Il est également membre du Conseil d'administration de la Fondation Montréal, qui a pour mission de promouvoir le développement culturel, économique et social de Montréal.